1. <track id="fvoki"></track>
    <table id="fvoki"></table>
    <acronym id="fvoki"><strong id="fvoki"></strong></acronym>
    <pre id="fvoki"></pre>
    这是描述信息

    TET-重亚硫酸盐测序(TAB-seq)

    项目介绍
    参数
    常见问题
    应用案例

     

    TAB-Seq单碱基分辨率羟甲基化检测

     

    羟甲基化5hmC是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基,在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用;

    重亚硫酸盐测序并不能区分甲基化5mC和羟甲基化5hmC,实际上是5mC5hmC两种修饰的混合信号,

    TET辅助重亚硫酸盐测序(Tet-assisted bisulfite sequencing, TAB-seq))通过对5hmC进行糖基化?;?/span>(免受TET蛋白的氧化),

    5mCC被脱氨基成尿嘧啶,进而可以从单个碱基水平鉴定5hmC。

     

     

    用心服务每一个项目

    专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案;

    较早开发羟甲基化测序技术的团队,国内首家推出多种组合的解决方案;

    严格的TAB-seq文库构建质控,Bisulfite转化率>99%;

    已完成多种肿瘤及哺乳动物羟甲基化测序及TAB-seq测序分析;

    助力客户在Genome biology, Epigenetics等杂志发表多篇论文;

    专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。

     

    科学方案设计

    从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;

    每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。

     

     

    样本类型和要求

    样本类型 /文库类型

    样本要求

    基因组DNA (TAB-WGBS)

    总量≥ 3ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

    基因组DNA (TAB-RRBS)

    总量≥ 1ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

    细胞、全血、新鲜冷冻组织等

    按照送样要求准备

    备注:用封口膜密封样品; 干冰运输

     

    信息分析

    TAB-seq

    分析内容

    备注

    标准分析

    1、测序数据质量评估

    过滤掉低质量数据,保证数据质量

    2、氧化率及亚硫酸盐转化率评估

    通过内参进行质控文库

    3、与参考基因组比对

    比对率和覆盖度分析

    4、5hmC位点Calling

    评估胞嘧啶甲基化状态

    5、5hmC图谱分析

    5hmC在基因组、功能元件上的分布

    6、组间差异DhMR分析

    寻找DhMR及注释

    7、差异5hmC基因分析

    DMG富集分析GO,KEGG

    8、多样本聚类分析

    PCA分析多样本5hmC变化规律

    高级分析

    9、多组学整合关联分析

    例如与转录组关联分析

    10、其它定制化分析

    结合课题背景亮点挖掘

     

    未找到相应参数组,请于后台属性模板中添加

     

    例分析:人脑中全基因组5hmC5mC单碱基分辨率研究

    Whole-genome analysis of 5-hydroxymethylcytosine and 5-methylcytosine at base resolution in the human brain. Genome Biol. 2014;4;15(3):R49.

    一、研究背景

    5-甲基胞嘧啶(5mC)可被Tet家族的酶氧化成5-羟甲基胞嘧啶(5hmC),它是5mC脱甲基的中间体,也是影响染色质结构稳定的表观遗传修饰。5hmC在哺乳动物大脑中特别丰富,但其功能目前尚不清楚。为了全面了解5hmC在人脑中的功能,需要一个高分辨率的羟甲基图。

    二、方法流程

    取材:1个成年和1个胎儿脑前额皮质

    测序:TET-全基因组亚硫酸盐测序(TAB-WGBS)

               TET-简化基因组亚硫酸盐测序(TAB-RRBS)

                全基因组甲基化测序(WGBS)

                转录组测序(RNA-Seq)

    验证:HPLC-MS/MS: 整体羟甲基化水平

    三、研究结果

    1、通过联合应用Tet辅助亚硫酸氢盐测序和亚硫酸氢盐测序,获得了人脑中5hmC5mC的全基因组单碱基分辨率图;

    2、5hmC从胎儿期到成年期明显增加,并且在成人脑中13%CpG高度羟甲基化,在遗传区域和远端调节元件富集;

    3、5hmC峰分布在外显子-内含子边界的剪接位点,表明5hmC与剪接之间存在联系;

    4、转录相关5hmC对基因body正义链的偏向和5mC对反义链的偏向;

    5、5hmCH3K27me3H3K9me3标记的抑制性基因组区域呈负相关,且在稳定增强子处富集程度高于活性增强子。

    四、研究结论

    提供单碱基分辨率的人脑5hmC5mC图谱,分析结果暗示5hmC在调节剪接和基因表达方面具有新的作用。羟甲基化大部分位于稳定增强子和主动转录区的CpG位点,表明其在这些区域的表观遗传调控中的作用。

     

    人脑中的碱基分辨羟甲基化和甲基化谱

    这是描述信息

    邮箱:marketing@sz-acegen.com

    官网:http://www.lzjiaxindz.com

    地址:深圳市龙岗区立信路43号永昌大厦407-408室

    Copyright ? 2021  |  深圳市艾斯基因科技有限公司 All Rights Reserved.  |   粤ICP备16072881号  |  网站建设:中企动力 龙岗

    曰本真人性做爰高清版_热热色精品_日日拍夜夜嗷嗷叫_国语精彩对白在线视频_加勒比一区免费 连城县| 隆林| 山丹县| 辛集市| 通州区| 称多县| 常德市| 双城市| 阳泉市| 咸宁市| 花莲市| 福鼎市| 五河县| 鄢陵县| 长垣县| 商洛市| 从江县| 安仁县| 昭苏县| 芦山县| 鸡东县| 巧家县| 锦州市| 兴业县| 蓝田县| 镇原县| 千阳县| 修武县| 扎兰屯市| 湘潭市| 西城区| 千阳县| 万山特区| 花莲县| 绥中县| 石景山区| 信阳市| 乐东| 雅江县| 二手房| 齐齐哈尔市| http://444 http://444 http://444 http://444 http://444 http://444